正如民航局局長馮正霖在海南自貿區建設初期時所強調，由于獨特的地理條件和區位特點，航空運輸一直是出入海南省的主要交通方式，航空旅客周轉量約占總量的84%。海南省民航業能否實現高質量的發展，對于全面深化海南省改革開放、建設海南省自由貿易區具有至關重要的意義。2020年至今，首都航空累計在海南地區運營往來航線共計49條，通航北京大興、天津、武漢、杭州、西安、南京、重慶等36個城市，其中包括北京大興＝海口、北京大興＝三亞、天津＝三亞、杭州＝海口、蘭州＝南寧＝三亞、沈陽＝石家莊＝海口等全國一線及省會城市航線，臨沂=海口、臨沂=三亞、揭陽=海口、桂林=海口、宜春=三亞等三線及四線城市，打通全國地區至海南省航線的互聯互通，為海南自由貿易港建設提供有力的空中交通運輸保障。
2020年夏秋航季（5月3日起），首都航空在國內航線網絡建設方面，重點開發海口、三亞航線，計劃在海南地區執飛往來航線共計52條，新開北京大興＝海口、鹽城＝海口、淮安＝海口、石家莊＝桂林＝海口、西安＝桂林＝海口、鹽城＝三亞、臨沂＝揭陽＝三亞等7條往來航線，加密杭州至海口航線，重開呼和浩特=武漢=海口、呼和浩特=貴陽=海口、寧波=海口、南京＝三亞等航線8條。目前，新航季計劃中涉及的45條航線已可以通過首都航空官方網站、APP、呼叫中心95375等方式進行購買，后續還將陸續上線7條航線。據首都航空市場部介紹，考慮當前疫情期間海南地區乘客出行需求，便捷性最為重要，因此在制定2020年夏秋換季的航班計劃時，重點布局海口、三亞始發至各一線城市、省會城市的精品航線、商務航線，特別是通往北京、天津、南京、杭州、武漢、鄭州、濟南、成都、長沙等地班期均為每周7天，充分滿足社會復工復產、學生返校需要。
| 首都航空2020年夏秋航季海南地區航班計劃 | |||
| 海口航班 | 班期 | 三亞航班 | 班期 |
| 大興＝海口 | 每周1.7 | 大興＝三亞 | 每天 |
| 大興＝梅州＝海口 | 每天 | 大興＝合肥＝三亞 | 每天 |
| 海口＝南昌＝青島 | 每天 | 西安＝貴陽＝三亞 | 每周2.4.6 |
| 西安＝桂林＝海口 | 每天 | 西安＝宜春＝三亞 | 每周1.3.5.7 |
| 重慶＝海口 | 每天 | 西安＝三亞 | 每天 |
| 哈爾濱＝長沙＝海口 | 每天 | 南昌＝三亞 | 每周1.4.6 |
| 揭陽＝海口 | 每周1.2.4.6 | 武漢＝三亞 | 每天 |
| 武漢＝海口 | 每周1.3.5.7 | 濟南＝南昌＝三亞 | 每天 |
| 南昌＝海口 | 每周1.3.5.7 | 三亞＝長沙＝長春 | 每天 |
| 杭州＝海口 | 每天 | 杭州＝三亞 | 每天 |
| 南京＝海口 | 每天 | 南京＝＝三亞 | 每天 |
| 貴陽＝海口 | 每周2.4.6 | 成都＝三亞 | 每天 |
| 鄭州＝海口 | 每天 | 福州＝三亞 | 每周2.4.6 |
| 寧波＝海口 | 每天 | 寧波＝三亞 | 每周1.2.5.6.7 |
| 濟南＝海口 | 每天 | 銀川＝三亞 | 每周1.3.5.7 |
| 鹽城＝海口 | 每周1.3.5.7 | 石家莊＝三亞 | 每周1.4 |
| 淮安＝海口 | 每周2.4.6 | 鄭州＝三亞 | 每天 |
| 石家莊＝桂林＝海口 | 每周1.3.5.7 | 太原＝三亞 | 每周1.3.5.7 |
| 海口＝貴陽＝呼和 | 每天 | 天津＝三亞 | 每天 |
| 海口＝武漢＝呼和 | 每天 | 三亞＝鹽城 | 每周2.4.6 |
| 海口＝桂林＝太原 | 每周2.4.6 | 哈爾濱＝石家莊＝三亞 | 每天 |
| 海口＝桂林＝臨沂 | 每天 | 三亞＝合肥＝呼和 | 每天 |
| 海口南寧銀川 | 每天 | 蘭州＝南寧＝三亞 | 每周2.4.6 |
| 海口＝合肥＝長春 | 每天 | 沈陽＝福州＝三亞 | 每天 |
| 海口＝黃山＝沈陽 | 每周2.4.6 | 臨沂=揭陽=三亞 | 每周1.3.5.7 |
| 沈陽＝石家莊＝海口 | 每天 | ||
| 長沙＝海口 | 每周2.4.6 | ||
*實際執行情況及具體航班信息以首都航空官網查詢為準
從自貿區到自貿港，“開放”始終是關鍵詞。放眼國際一流的國際貿易港，貿易投資便利化程度高、自由開放程度大、經濟活力強是典型的特點，這便促使自貿港需要提供一系列人員流動的便利條件，包括旅游免簽政策、移民政策、人才吸引措施等，加之便利的交通運輸保障。因此自貿港建設啟航，基礎設施先行，不斷拓展、夯實交通運輸渠道更是必要動作。北京首都航空自成立之初，就將海南作為公司發展戰略的重要樞紐，在海南設立海口、三亞兩個過夜基地， 2019年保障海南進出島旅客達558萬人次，平均客座率近91%，占比北京首都航空全年運輸旅客量逾40%。經過十年的發展首都航空已成為海南地區主要運營航司之一，三亞地區投放過夜飛機9架，海口地區投放過夜飛機8架，為促進海南發展旅游業、現代服務業貢獻力量。
目前，鑒于新型冠狀病毒感染的肺炎疫情，首都航空為了保障廣大旅客的出行安全，特別推出了增值類保險產品。從即日起，旅客通過首都航空官方網站及呼叫中心購買任意地區進出海南省的航空意外險，在保費不變的情況下，還將同時享有一份針對新冠病毒的保險。該項保險政策的推出，不僅降低了旅客在飛行保障費用上的成本，更為旅客在疫情防疫期間出行增添了保障。
| 產品名稱 | 保險條款 | 保障范圍 | 賠償金額 | 保險期間 | 保險費 |
| 航空意外險 | 《航空人身意外傷害保險條款》 | 航空意外身故殘疾 | 保額260萬元 | 約定航班 | 30元/份 |
| 新型冠狀病毒感染身故保險金 | 保額20萬元 | ||||
| 特別約定：被保險人搭乘保險單載明的單程航班（或承運人所安排的替代航班）到達該航班目的地后，發現同機旅客在乘機14天內被確診感染新型冠狀病毒，且被保險人在乘機后30天內被確診感染新型冠狀病毒并因新型冠狀病毒感染導致身故，保險人按20萬元/人的標準給付身故保險金。 | |||||
此外，在疫情期間，首都航空根據旅客的不同需求提供差異化服務，旅客可結合個人旅行需要選擇附加服務，定制出行方案。例如，在行李托運方面，如有額外需求的旅客可以提前購買“預付費托運行李額“。計費規則按航距分為三檔：800公里（不含）以下，800-1600公里（不含），1600公里及以上，根據航距的不同優惠標準有所不同。旅客可通過北京首都航空官網預購、官方客服電話95375、值機柜臺三種渠道購買預付費行李，在值機前線上預購可享7折優惠。